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　さっきのは、初期化の際のオプションがあるみたい。こんな感じに

    <script type="text/javascript">
        ...省略
        tinyMCE.init({
            // フォーマットON　defalult is false
            apply_source_formatting : true, 
        });
    </script>

　でも、この整形って・・・

参照
http://wiki.moxiecode.com/index.php/TinyMCE:Configuration