SourceFormatter#setIndentString(String)
インデントの際の文字列を指定する。
Source src = new Source("HTMLの文字列");
SourceFormatter sf = src.getSourceFormatter();
sf.setIndentString("--");
↓
<html>
<body>
hello
</body>
</html>
↓
<html>
--<body>hello
--</body>
</html>